Der Domchor hat seinen Ursprung im Jahr 975. Damals gründete → Bischof Wolfgang eine eigene Domschule, die neben dem allgemeinbildenden Unterricht besonderen Wert auf die musikalische Ausbildung legte. Den Schülern, ausschließlich Knaben und junge Männer, wurde der liturgische Gesang während der Messen in der Regensburger Bischofskirche, im → Dom St. Peter, übertragen.

Mitte des 19. Jahrhunderts leitet Domkapellmeister Joseph Schrems eine neue Blütezeit ein. Doch erst mit Dr. Theobald Schrems (1893–1963), in der Nachfolge von Domkapellmeister Franz Xaver Engelhart, werden die Regensburger Domspatzen seit den 1930er Jahren weltberühmt. In seiner knapp 40-jährigen Tätigkeit als Domkapellmeister von 1924 bis 1963 baut Schrems die Konzerttätigkeit des Chores zielstrebig aus. Das regelmäßige Singen im Dom St. Peter vernachlässigt er dabei aber nicht.

Das heutige »Nest« der Regensburger Domspatzen ist das Vermächtnis von Dr. Theobald Schrems. Unter ihm entstand das gemeinsame Haus für Schule, Internat und Chor – und damit die Voraussetzung für das heutige hohe Niveau der Domspatzen geschaffen. Ab 1964 übernahm Georg Ratzinger die Leitung des Chors. In seiner 30jährigen Amtszeit konnte er den international guten Ruf der Domspatzen festigen und ausweiten.

Von 1994 bis 2019 war Roland Büchner Leiter der Regensburger Domspatzen und Domkapellmeister. Unter ihm konzertierte der Domchor unter anderem drei Mal in Japan (1998, 2000 und 2004). Weitere Auslandstourneen führten nach Frankreich, Italien, Österreich, Ungarn, Schottland, auf die Philippinen, nach Südafrika (2008), Taiwan (2011), China (2012), in die USA (2014) sowie im November 2015 nach Spanien und im April 2016 in den Oman. Im September 2018 reiste Büchner mit seinem Chor zum ersten Mal auch ins Heilige Land. Im Oktober desselben Jahres gaben die Domspatzen ihr Debüt in der Elbphilharmonie Hamburg.

Seit 1. September 2019 ist Christian Heiß Domkapellmeister. Er ist damit zum einen der Leiter des Regensburger Domchores (»Regensburger Domspatzen«), zum anderen ist er aber auch verantwortlich für die Regensburger Dommusik.